命名是解决如何对一种植物或一个分类上的类群给出正确的名称。在实践中，命名通常和鉴定了解在一起，因此当鉴定一个未知植物标本的时候，鉴定者选择并且应用正确的名称。“苹果”不管叫“Seb”（北印度语方言），Apple，Pyrus malus 或者Malus malus，这种令人喜欢的温带植物就算被正确鉴定出来，但是只有使用正确的学名Malus pumila才将鉴定与命名了解到一起。目前植物命名必须遵循国际植物分类协会（IAPT）颁布的国际植物命名法规（International Code of Botanocal Nomenclature, ICBN）进行。法规在每次国际植物代表大会召开后都会做适当修改。动物命名按照国际动物命名法规（International Code of Zoological Nomenclature, ICZN）进行，细菌命名按照国际细菌命名法规（International Code for the Nomenclature of Bacteria, ICNB，现在称为细菌学法规Bacteriological Code—BC）进行。栽培植物命名按照国际栽培植物命名法规（International Code of Nomenclature for Cultivated Plants, ICNCP）进行，此法规主要基于ICBN，带有一些附加的条款。因此在一种命名法规的条款里，两个分类群不能共享同一个正确学名，但是在不同的命名法规里却可以。比如，属名Cecropia既指五彩的蛾子也指热带树木。与此相似的，属名Pieris既指某些蝴蝶也指某些灌丛。
在过去的十年间，人们曾经试图为所有生物有机体创造一个统一的命名规则，便于把所有生物的数据合并到一个数据库里。生物法规草案（Draft BioCode）和系统发育法规（PhyloCode）都试图往这个方向努力，但是这些努力在被接受以前还有很长的路要走。
学名的必要性
拉丁语做为学名的标准形式，优于俗名和或普通名，因为后者存在以下的问题： 1. 俗名对人类所知道的所有物种并不是都能得到的。
2. 俗名在其使用方面受到限制并且只在一种或几种语言中使用。它们在应用方面并不普遍。 3. 普通名通常不提供显示科或属关系的信息。“玫瑰Roses”归属于蔷薇属Rosa，woodrose是番薯属Ipomoea的成员之一，primrose属于报春花属Primula。这三个属分别属于三个不同的科——蔷薇科Rosaceae，旋花科Convolvulaceae和报春花科Primulaceae。“橡树Oak”是栎属Quercus最普遍的一个俗名，但是Tanbark oak是石栎属（柯属）Lithocarpus，poisonoak是盐肤木属Rhus，silver oak是Grevillea，Rerusalem oak是藜属Chenopodium。 4. 一般来讲，在使用同一种语言的相同或是不同地区，可能存在同一物种有多种普通名，尤其是广泛分布的植物。比如，Cornflower, bluebottle, bachelor`s button和ragged robin 都指的是同一个物种——矢车菊Centaurea cyanus。
6. 有时候，两种或更多没有关系的物种却有相同的普通名。Bachelor`s button，可能是普通菊蒿Tanacetum vulgare，欧洲山萝卜Knautia arvensis 或者矢车菊Centaurea cyanus。同样Cockscomb，一个鸡冠花Celosia cristata的俗名，但是也是一种海藻绯红海头红Plocamium coccinium 或者小鼻花Rhinanthus minor的普通名。
为什么用拉丁文？
学名不考虑它们的来源都要处理为拉丁语（），并且也对1935年1月1日前发表的任何新分类群要求有拉丁文的特征集要。采用拉丁文命名和描述的传统可以追溯到中世纪时期的学术成就，并且用拉丁文书写的植物学出版物的传统持续到19世纪中期。对植物的描述并不是采用西塞罗(Cicero)或者贺瑞斯(Horace)的古典拉丁语，而是由中世纪学者们基于古代普通人流行的拉丁口语，采用“法语（lingua franca）”的读写进行的。选择这种语言胜过于现代语言的优点如下：1.拉丁语是一门死语言，因此，语义和解释都不象英语和其它语言那
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样不停地变化；2.拉丁语在语义方面是最专业和最精确的；3.单词的语法意义一般来说都很明显（白色翻译为album-中性、alba-阴性的、albus－阳性）；4.拉丁语使用罗马字母表，适用于大多数语言。
植物命名的历史
几个世纪以来，植物名称一直有多名词学名存在——冗长的描述性短语，通常难以记忆。比如，一种柳树，Clusius（1583）在他的著作中命名为Salix pumila angustifolia altera。Casper Bauhin（1623）年引入了双名法（Binomial nomenclature）的概念：一个物种的名称由两部分组成，第一部分是该物种所属的属名，第二部分是种加词（specific epithet）。这样，洋葱被命名为Allium cepa，Allium是属名，而cepa是种加词。然而Bauhin却并没有对所有物种采用这种命名法，于是Carolus Linnaeus（1753）在他的《植物种志（Species plantarum）》继续巩固了这个命名体系。早期的命名规则由Linnaeus在他的《Critica botanica》1737中提出，并且在《Philosophica botanica》（1751）中进一步扩充。A. P. de Candolle在他的《Theorie elementaire de la botanique》（1813）中对命名的程序进行了更明确的阐述，其中许多内容都来自于Linnaeus。Steudel在《Nomenclator botanicus》（1821）中列举了整理所知道的所有有植物的拉丁名称以及它们的异名。
Alphonse de Candolle是第一个系统整理和完善统一的植物命名法的人。他发行了自己《Lois de la nomenclature botanique》手稿的副本，经过在巴黎召开的第一次国际植物学大会（1867）的慎重考虑，巴黎法规（Paris Code，又称“de Candollel 规则”）被采纳了。林奈1753年开创了植物命名法的先河并且为优先律的制定奠定了基础。美国植物学家对巴黎法规并不满意，他们采用的是罗切斯特法规（Rochester Code, 1892），该法规提出了模式type的概念，严格遵循优先律，即使是重词名称（tautonym种加词重复属名，例如Malus malus）。
巴黎法规1905年被维也纳法规（Vienna Code）所替代，维也纳法规 以1753年林奈的《植物种志》作为命名的起点日期（starting point）的基础之上，不接受重词名称，发表新分类群必须有拉丁文特征集要。另外，还有一个保留属名（Nomina generica conservanda）的名单。然而，不满意维也纳法规，罗切斯特法规的拥护者采用美国法规（American Code，1907），此法规不接受保留属名名单和发表新分类群需要拉丁文特征集要的条款。
直到1930年剑桥第五届国际植物学大会才最终解决了命名法中的分歧，并最终确定了一部真正的国际法规，接受模式概念，拒绝重词名称，发表新分类群必须有拉丁文特征集要，接受保留属名。法规在每次国际植物学大会结束后都会有相应的改动。1993年在日本东京召开了第15届国际植物学大会，法规获准在东京于1994年发表（Greuter et al，1994）。第十六届国际植物学大会1999年在圣路易斯（ST Louis）召开，会议决议2000年发表（Greuter et al，2000）。第十七届将于2005年在维也纳举行。
命名法规发表的原因是由于各个国家的植物学家都需要有一部精确而简洁的植物命名系统。法规的宗旨是为需要命名的类群提供一整套稳定的命名方法，避免并且杜绝使用那些容易造成错误和模棱两可以及容易造成混乱的名词。导言（Preamble）指出了植物法规的哲学问题，整个法规分成3个部分：
Ⅰ. 原则(principles)
Ⅱ. 规则和辅则（Rules and reconmmendations）
Ⅲ. 管理法规的规程（provisions for the governance of the Code） 另外，命名法还包括以下附录： Ⅰ.杂种名称
ⅡA 藻类、真菌、蕨类以及化石植物的保留与废弃科名（nomina familiarum algarum, fungorum, pteridophytorum et fossilium conservanda et rejicienda）
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ⅡB. 苔藓植物和种子植物的保留科名（nomina familiarum bryophytorum et spermatophytorum conservanda）
ⅢA 保留与废弃属名（nomina generica conservanda et rejicienda） ⅢB 保留与废弃种名（nomina specifica conservanda et rejicienda）
Ⅳ. 必须废弃的名称nomina utique rejicienda(A.藻类Algae，B.真菌Fungi，C.苔藓植物Bryophyta，D.蕨类植物Pteridophyta，E. 种子植物Spermatophyta）
Ⅴ. 禁止书目（Opera utique oppressa）
最后三个有用的附录第一次包括在东京法规（Tokyo Code）中。第一个（ⅢB）包括保留和废弃种名；第二个（Ⅳ）列举了根据第56款不可以用的名称以及基于这些名称的组合；最后一个（Ⅴ）列举了根据命名法规发表的非有效发表的出版物名单。
原则是构成植物命名系统的根据。共有62个主要规则（Rules，以条款的形式规定出来）以及辅助性的辅则（reconmmendations）。规则旨在规范过去的植物命名并为将来的命名提供依据；违反了规则的名称不能被保留。辅则用于辅助性点项，为使整个命名系统更加统一和清晰。违反了辅则的名称不能因此废弃但也不能最为例子而加以效仿。保留名（conserved names）包括那些不满足优先律的要求但准许使用的名称。各种规则和辅则我们将就下面几个相关标题予以讨论。
国际植物命名法规导论
1.植物学需要一个各个国家的植物学家通用的精确而简洁的命名体系，一方面解决用于表示分类类群或单元等级的术语，另一方面提供用于植物单独的分类类群的学名(scientific name)。给一个分类类群一个名称的目的不是为了说明其特征或者历史，而是给该分类群提供一个称谓并表明其分类等级的方法。本法规旨在提供一整套稳定的为分类群命名的方法，以避免并且杜绝使用那些容易造成错误和产生歧义以及容易引起混乱的名称。本法规的另一个重要目的是为了避免产生无用的名称。其它方面的考虑，像语法的绝对正确性，名称的规范化和是否悦耳，或多或少的惯用法，考虑人的因素等。尽管这些方面的重要性不可否认，但它们还是相对的辅助成分。 2. 原则(Principles)是构成植物命名系统的基础。
3. 详细的规程（Provisions）分为规则（Rules）和辅则（reconmmendations）。规则以条款的形式出现。实例（Examples）用以说明规则和辅则。
4. 规则旨在规范过去的植物命名并使将来的命名有章可循。违反规则的名称不能被保留。 5. 辅则解决一些辅助性点项；其目的在于使整个系统更加统一和清晰，尤其对将来的植物命名；违反了辅则的名称虽不能因此而废弃，但也不能够作为例子而加以效仿。 6. 本法规的最后一部分为有关修改法规的条文。
7. 规则和辅则适用于所有传统上称为植物的有机体，不管是化石（fossil）或者是非化石（non-fossil），比如，蓝绿藻blue-green algae、蓝细菌Cyanobacteria、真菌fungi，包括壶菌chytrids、卵菌oomycetes和粘菌类slime moulds，光合原生生物protists以及分类学上相关的非光合类群。
8. 国际栽培植物命名法规（International code of nomenclature for cultivated plants）是根据国际栽培植物命名委员会的授权下制定的，用于处理农业、林业和园艺范围内特殊植物类别名称的使用和构成。
9. 只有经过足够的分类学研究并对有关的事实有了充分的了解，或有必要废弃违反有关规则名称时，方可改变一个名称。
10. 当相关的规则不存在或者当使用规则出现的结果有疑问时，可以遵照习惯用法。 11. 此版本法规取代以往所有各版法规。
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国际植物命名法规原则
国际植物命名法规建立在以下6条原则的基础之上，这些原则既是法规的理论基础，同时也为那些想要修改法规而提出修正或商榷意见的学者提供了依据：
1. 植物命名法独立于动物命名法。本法则均等地适用于作为植物的分类群，不管这些类群最初是否被认为是植物。
2. 分类群名称的应用由命名模式来决定。 3. 一个分类群的命名基于其发表的优先权。
4. 每个具有特定范围、位置和等级的分类群只能有一个正确名称，即最早的复合各项规则的那个名称。
5. 不管其词源如何，分类群的学名均处理为拉丁文。
6. 除非有明确的规定，本法规的各项规则均有追溯既往之效（retroactive）。
分类群名称
分类群指归属于任何等级的一个分类学类群。命名系统提供了一个分类等级的阶层排列。每种植物都属于若干分类单元，每个单元代表特定的分类等级。因此洋葱属于Allium cepa（种级），Allium（属级），Liliaceae（科级）等等。七大主要分类等级递减的顺序为：界（kingdom），门（division或phylum），纲（class），目（order），科（family），属（genus），种（species）。名称的结尾显示了它所在的等级：-bionta代表界，-phyta代表门，-phytina代表亚门，-opsida代表纲，-opsidae或者-idea代表亚纲，-ales代表目，-ineae代表亚目，-aceae代表科。整个分类等级的阶层系统以及词尾都在表3.1给出了例子。
表3.1 ICBN规定的分类等级和结尾 分类等级（单元） 界Kingdom
门Division
亚门Subdivision 纲Class
-opsida
-phyceae（藻类） -mycetes（真菌）
亚纲Subclass
-opsidae
-idea（被子植物） -phycidae（藻类） -mycetidae（真菌）
目Order
亚目Suborder
-ales -ineae
蔷薇目Rosales 蔷薇亚目Rosinae 木兰纲Magnoliopsida 绿藻纲Chlorophyceae 担子菌纲Basidiomycetes 真蕨亚纲Pteropsidae 蔷薇亚纲Rosidae 蓝藻亚纲Cyanophycidae 担子菌亚纲Basidiomycetidae
-phyta
-mycota（真菌） -phytina
-mycotina（真菌）
木兰门Magnoliophyta 真菌门Eumycota 真蕨亚门Pterophytina 真菌亚门Eumycotina
结尾 -bionta
实例
绿色植物界Chlorobionta
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科Family
亚科Subfamily 族Tribe 亚族Subtribe 属Genus
亚属Subgenus 组Section 亚组Subsection 系Series
种Species
亚种Subspecies 变种Varietas 变型Forma
-aceae -oideae -eae -inae
-us, -um, -is, -a, -on
蔷薇科Rosaceae 蔷薇亚科Rosoideae 蔷薇族Roseae 蔷薇亚族Rosinae
梨属Pyrus, 葱属Allium, 南芥属Arabis, 蔷薇属Rosa, 棒头草属Polypogon
菟丝子属真菟丝子亚属Cuscuta subgenus Eucuscuta 玄参属网脉玄参组 Scrophularia section Anastomosanthes
玄参属春玄参亚组Scrophularia subsection Vernales 玄参属侧花玄参组Scrophularia series Lateriflorae 犬月季Rosa canina
神圣还阳参二裂亚种Crepis sancta subsp. bifida 马缨丹多色变种Lantana camara var. varia 柚木斑点变型Tectona grandis f. punctata
属以上类群的名称用单名的复数形式来表示。因此，我们说“Winteraceae are primitive”是正确的，而“Winteraceae is primitive”则是错误的。但当我们强调分类等级的时候，情况就会变化。因此，“the family Winteraceae is primitive”就是正确的表述。
科以上分类单元的名称是通过把所包含的一个合法科名的词尾-aceae替换为指示其等级的词尾而构成的（蔷薇目 Rosales来源于蔷薇科Rosaceae，木兰纲Magnoliopsida来源于木兰科Magnoliaceae）。一个科的名称是一个复数形容词用做名词，其构成来源于经典拉丁语以及希腊语的模式属的名称，将其单数属格的词尾替换为词尾-aceae（蔷薇科Rosaceae来源于蔷薇属Rosa，眼子菜科Potamogetonaceae来自眼子菜属Potamogeton）。按照这种方法，那些非经典来源的名词在无法确定单数属格的时候，则把词尾-aceae加在整个词的后面。（银杏科Ginkgoaceae来源于银杏属Ginkgo）。当可属名具有可互用的属格形式时，必须遵从原整理明确使用的一个。（睡莲科Nelumbonaceae 来自睡莲属Nelumbo—Nelumbonis，格尾变化由umbo和umbonis类推而来）。
亚纲及其以上等级的词尾都是推荐的，然而目及其以下分类单元则有必须遵从的规则。因此像裸子植物Gymnosperms，被子植物Angiosperms，苔藓植物Bryophytes，蕨类植物Pteridophytes，木本群Lignosae, 草本群Herbaceae, 双子叶植物Dicotyledoneae, 单子叶植物Monocotyledoneae等类群的名称都很正常，一直被用作目级以上类群的有效名称。最近兴起的APG分类系统的版本提出的目级以上的分类单元只有像古草本类Paleoherbs，三沟花粉类Tricolpates（真双子叶类Eudicots），菊类Asterids，蔷薇类Rosids，真菊类Euasterids, 真蔷薇类Eurosids等做为单系类群进化枝的用非正式类群名称。非正式的分类学名称被用于目级以上。一个科名以-aceae结尾。然而，被子植物中有八个科的名称不符合命名法规，但是由于传统使用一直沿用到现在，这些科名被准许使用。这些科及其互用名称（符合命名法规并且提倡使用）以及这些互用名称所基于的模式属都列表如下：
传统名称（Traditional name） 互换名称（alternate name） 模式属（type genus） 十字花科Cruciferae 藤黄科Guttiferae 豆科Leguminosae
Brassicaceae Clusiaceae Fabaceae
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芸苔属Brassica 书带木属Clusia 蚕豆属Faba
伞形科Umbelliferae 菊科Compositae 唇形科Labiatae 棕榈科Palmae 禾本科Gramineae Apiaceae Asteraceae Lamiaceae Arecaceae Poaceae 芹属Apium 紫菀属Aster
野芝麻属Lamium 槟榔属Areca 早熟禾属Poa
按照命名法规第18款的规定，豆科的名称Leguminosae只有在包含以下三个亚科的情况下才与互用名称Fabaceae对应：蝶形花亚科Faboideae（Papilionoideae），云实亚科Caesalpinioedeae和含羞草亚科Mimosoideae。同样，蝶形花科的名称Papilionaceae作为一个单独的科并区别于其余的豆科时，Papilionaceae针对Leguminosae被保留，允许出现两个互用名称Papilionaceae和Fabaceae。
化石分类群可以作为形态分类群(morphotaxa)。一个形态分类群被定义为一个化石分类群，这是出于命名的目的，由那些对应命名模式所代表的只有部分、生活史的阶段或保存的阶段构成。
属
属名是单数名词或作为单数名词处理的词。最短的属名例子是Aa，属名会以词尾后缀来表明阳性、中性还是阴性：-us，-pogon通常代表阳性的属，-um代表中性，-a, -is代表阴性。属名的第一个字母要大写。属名可以有任何来源，但常见的来源有以下几个方面： 1．纪念某人 比如羊蹄甲属Bauhinia来自于Bauhin，王莲属Victoria来自于英格兰维多利
亚女王，加州蒲葵属Washingtonia来自于乔治华盛顿，Zinobia来自于帕尔米拉Palmyra的Zinobia女王。纪念人物的名称无论男人或女人都要采用阴性形式。如果人名以辅音字母结尾，则在词尾加-ia（倒挂金钟属Fuchsia来源于Fuchs），如果以元音字母结尾，则在词尾加-a（Ottoa来源于Otto），但是如果以a结尾则在词尾加-ea（Collaea来源于Colla）。如果以er结尾，则两个都可以（Kernera来源于Kerner；Sesleria来源于Seslar）。具有-us结尾的拉丁化的人名，去掉-us结尾后添加适当的后缀（北极花属Linnaea来自于Linnaeus，五桠果属Dillenia来自于Dillenius）。名字也可以直接构成属名，就像上面提到的Victoria和Zinobia一样。
2．基于一个地点 南洋杉属Araucaria以智利的一个省Arauco命名，刺茉莉属Salvadora
来自于巴西的萨尔瓦多，南芥属Arabis来自于阿拉伯半岛，鲜卑花属Sibiraea来自于Siberia。 3．基于一个重要的特征 比如花椒属Zanthoxylum 具黄色木质，地钱属Hepatica 具肝状叶，
水蓑衣属Hygrophila具湿生习性，三叶草属Trifolium具三出复叶，以及刺苞菊属Acanthospermum具刺状果实。
4．土名 有些词直接来自拉丁语以外的其它语言并且未对词尾进行修改。水仙属Narcissus
来自于希腊语，以著名的希腊神Narcissus为水仙花命名的。银杏Ginkgo来自于汉语闽南方言，万带兰Vanda来自于梵语，赤竹属Sasa来自于日本土著名。
树木的属名都是阴性的，无论以什么结尾，因为在经典拉丁语里树木就是阴性的。因此松属Pinus，栎属Quercus和李属Prunus都是阴性。如果用两个名词组成一个属名，则需要连字符（例如属名Uva-ursi）。然而，如果原始整理将两个名词合并成一个词使用，则不需要连字符（例如使君子属Quisqualis）。一个属名不能与目前使用的形态术语相符，除非是1912年前发表的并且符合林奈的双名法。因此属名Tuber（发表于1780年，符合双明法Tuber gulosorum F. H. Wigg）是有效发表。另一方面，由此以后的属名Lanceolatus（Plumstead，1952）是无效发表。像 “radix”，“caulis”，“folium”，“spina”等这些词现在已经不能做为
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有效的属名发表。
种
一个种的名称是双名：即由两个部分组成：属名及其后的种加词。法规规定所有的种加词首字母都必须小写。但有的时候也用大写字母，当种名来自于人名，以前的属名或者是普通名称的时候。不过法规不提倡这种用法。种加词可以有任何来源或者任意组合。下面列举一些常见的来源：
1．人名 以人名命名的种加词采用属格（所有格）或者形容词形式：
（1）种加词的属格形式由人名的词尾决定。如果名字以元音或者-er结尾的时候，男性名字
后面加-i（roylei来自于Royle，hookeri来自于Hooker），女性名字后面加-ae（laceae来自于Lace），一人以上同姓的名字词尾加-orum（hookerorum来自于Hooker & Hooker）.如果名字以-a结尾，则在词尾加-e（paulae来自于Paula）。如果名字以辅音字母结尾，则在男性名字后面加-ii（wallichii来自于Wallich），女性名字后面加-iae（wilsoniae来自于Wilson），一人以上并且至少有一个男性的同姓名字词尾加-iorum（verlotiorum来自于Verlot brothers），如果都是女性则加-iarum（brauniarum来自于Braun姐妹）。如果人名已经是拉丁文名字（比如说Linnaeus），则要在加上合适的属格结尾前去掉拉丁后缀（此例里面是-us）。种加词的属格形式和属的性没有相关性。下面的表a列举了一些示例。 表 a
人名 Royle Hooker Sengupta Wallich Todd
Gepp & Gepp Linnaeus
性别 M M M M F M M
种加词 roylei hookeri senguptae wallichii toddiae geppiorum linnaei
双名
Impatiens roylei Iris hookeri
Euphorbia senguptae Euphorbia wallichii Rosa toddiae
Codiaeum geppiorum Indigofera linnaei
(2)当用形容词形式的时候，种加词的词尾决定于属的性。当人名以辅音字母结尾的时候先
加-ian，以元音字母结尾的时候先加-an，但如果是以-a结尾，则先加-n，然后再加表示性的单数主格结尾。表b列举了一些示例。 Table b
人名 Webb Webb Webb Kotschy Lagasca
属 Rosa
Delphinium Astragalus Hieracium Centaurea
属的性 阴Feminine 中Neuter 阳Masculine 中Neuter 阴Feminine
种加词 webbiana webbianum webbianus kotschyanum lagascana
双名
Rosa webbiana Rheum webbianum Astragalus webbianus Hieracium kotschyanum Centaurea lagascana
2．地名 种加词同样也可以用地名的形容词形式构成，在添加了-ian或-ic之后再加上表示
属的性的单数主格结尾。种加词也可以通过在地名后添加-ensis(阳性和阴性属，例如多枝常春藤Hedera nepalensis，加拿大悬钩子Rubus canadensis)或者-ense(中性属，例如尼泊尔女贞Ligustrum nepalense)。表c解释了各种构成情况。 Table c 地名 属 属的性 种加词 7 / 26
双名 Kashmir
India Iris
Delphinium Tragopogon Rosa Solanum Euonymus 阴Feminine 中Neuter 阳Masculine 阴Feminine 中Neuter Masculine kashmiriana kashmirianum kashmirianus indica indicum indicus Iris kashmiriana
Delphinium kashmirianum Tragopogon kashmirianus Rosa indica
Solanum indicum Euonymus indicus
3．特征 基于种的特征命名的种加词通常使用形容词形式，并且和属的性保持一致。一个
基于白色植物部分特征命名的名称可能采用的形式为alba (白蔷薇Rosa alba)、album (藜Chenopodium album) 或者albus (白野桐Mallotus albus)。同样，一个用于栽培植物的普通加词按照其属的性有这样的形式sativa (稻Oryza sativa)、sativum (蒜Allium sativum) 或者sativus (家山黧豆Lathyrus sativus)。但有些种加词，像bicolor(二色的)和repens (匍匐的) 保持不变，例如匍枝毛茛Ranunculus repens，匍枝丁香蓼Ludwigia repens 和白三叶草Trifolium repens。
4．同格名词（apposition） 种加词有的时候也可以是名词并且具有自己的性，但通常都是
主格形式。苹果双名Pyrus malus，malus来自于希腊语，为普通苹果的名称。同样，在洋葱Allium cepa中，cepa是洋葱的拉丁名。
书写和打字的时候属名和种加词都必须加下划线。印刷时要用斜体或黑体。属名及其后面的种加词至少要完整拼写一次，如果属内还有其它种可用缩写形式。例如：膨大栎Quercus dilatata，木栓栎Q. suber，冬青栎Q. Ilec等等。种加词通常是一个词，但也可以是两个词，这些必须要用连字符连接，如荠菜Capsella bursa-pastoris和爱达山葡萄鼠李Rhamnus vitis-idaea或者把两个词直接连在一起，如黄水仙Narcissus pseudonarcissus。 虽然不会被废弃，但是也要尽量避免在同一属下不同种内提定来自相同名称的属格形式以及形容词形式。例如，加拿大山鸢尾Iris hookeri和胡克鸢尾I. hookeriana；点腺过路黄Lysimachia hemsleyana Oliv.和海姆斯莱过路黄L. hemsleyi Franch。
种下分类等级
亚种（subspecies）的名称采用三名（trinomial），其构成是在种的名称后加上亚种加词。例如Angelica archangelica ssp. himalaica。在亚种内的变种（varieta）必须是四名(quadrinomial)，如Bupleurum falcatum ssp. eufalcatum var. hoffmeisteri，或者当没有亚种时刚好就是三名，如Brassica oleracea var. capitata。变型也必须以同样的方式命名，例如Prunus cornuta forma villosa。种下加词的构成与种加词遵从相同的规则。种下名称有的时候可能是多名，例如Saxifraga aizoon var. aizoon subvar. brevifolia f. multicaulis subf. surculosa Engl. & Irmsch。
模式方法
不同的分类类群的名称是建立在模式方法（type method）的基础上，即由一个类群的特定代表作为该类群命名的根本。这个代表被称为命名模式（nomenclatural type）或者简称模式（type），并且在方法学上称做模式指定（typification）。模式不需要是类群中最典型的成员，只是标定了某一特定分类单元的名称并且两者永久依附。模式可以是正确名称也可以是异名。山茶科（Theaceae）的名称来自于异名Thea，虽然其正确的属名是Camellia。含羞草属Mimosa是含羞草科Mimosaceae的模式，但是它具有四数花而并不像该科大多数代表成员那样有五数花。同样，荨麻属Urtica是荨麻科Urticaceae的模式，当最初的大科被划分为许多小的自然科时，荨麻科因为包含了荨麻属而被保留下来，两者未被分开；其他的被
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分出来的科级类群分别被命名为桑科Moraceae、榆科Ulmaceae、大麻科Cannabaceae，分别以桑属Morus，榆属Ulmus，大麻属Cannabis为模式。由于椴树科Tiliaceae 有时归并到锦葵科Malvaceae中，锦葵科已经有了大的改动。Thorne（2003）把椴树属Tilia划到锦葵科，但把其他的属保留了下来。这样迫使原来的椴树科Tiliaceae（不包括椴树属Tilia）改名为扁担杆科Grewiaceae，并以扁担杆属Grewia为模式。
科及其以上更高的类群的模式最根本的就是一个属，正像上面所指的那样。一个特定属的模式是种，例如草地早熟禾Poa pratensis 是早熟禾属Poa的模式。一个种或者种下分类单元的模式如果存在的话必须是某个单一的模式标本，保存在一个已知的标本馆并且注明了采集地，采集人名字和采集号。它也可以是一个植物的绘图。法规按照模式标本选定的方式将其分为以下7类： 1．主模式（Holotype）：由整理指定的代表本种模式的一张特定的标本或一张植物绘图。就
模式指定而言，一份标本是指在同一时间对某个单独的种或种下分类群的一个采集或一个采集的部分，忽略混杂标本。一份标本可以包含一个单独的植物个体，一个或几个植物个体的部分，或者多个小的植物个体。一份标本通常被装订在一张单独的标本馆台纸上或在等同的标本制品（preparation），如盒子，包，广口瓶或者显微镜载玻片。分类群名称的模式标本必须被永久保存，并且不能是活植物或栽培植物。但是培养的真菌和藻类如果保存在休眠状态（例如冻干法或者深度冰冻法）可以作为标本。现在发表一个新种必须指定主模式。 2．等模式（Isotype）：是主模式的一个重号复份标本（duplicate）。由同一个人在同一时间
同一地点采集的标本，通常采集号也是相同的，以a, b, c等来区分。 3．合模式（Syntype）： 是当原整理未曾指定主模式而引证的两个或更多个标本中的任何一
个标本，或者是同时被原整理指定为模式的两个或多个标本中的任何一个标本。合模式的重号复份标本是等合模式（isosyntype）。 4．副模式（Paratype）：是指除主模式、等模式或整理引证的2个或更多个同时被指定为模
式标本的合模式以外原始描述（protologue）中所引证的标本。 5．后选模式（Lectotype）：是当原整理最初没有选定主模式或者主模式已经不存在时，后
人从原整理引证的原始材料中选出一份标本或其余任何分子。后选模式从等模式或合模式中产生。如果等模式存在则选等模式，如果合模式存在则选合模式。如果等模式、合模式和等合模式（等模式的重号复份标本）都不存在，则必须从存在的副模式中选定。如果引证的标本均不存在，后选模式必须选自如果存在的其余原始材料，即未被引证的标本以及引证或未被引证的植物绘图。 6．新模式（Neotype）：当某一分类群名称所依据所有材料全部丢失时，被选定作为命名模
式的一份标本或插图。当主模式、等模式、副模式或合模式均不存在时，就可选定一份标本或插图作为新模式。 7．附加模式（Epitype）：是用来作为解释性模式的一份标本或植物绘图。当主模式、选模
式或先前指定的新模式，或所有与一个有效发表名称相关的原始材料确实模糊不清，因而不能被准确地鉴定以确保该分类群名称的精确应用时，可指定一个附加模式。当指定附加模式时，该附加模式所支持的主模式、后选模式或新模式必须明确地引证。
在大多数情况下没有指定主模式，也将没有副模式，因此所有引证的标本都是合模式。但当整理指定了两个或更多个标本为模式的时候，其他剩余的任何引证标本只能是副模式而不是合模式。
产地模式（topotype）通常是指某个与主模式来自于同一采集地的标本名称。
在有些情况下，如果一个名称的模式是永久保存的非代谢状态的培养物时，由该模式分离培养出的活的分离物应称为衍生模式（ex-type，ex typo），衍生主模式（ex-holotype，ex
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holotypo），衍生等模式（ex-isotype，ex isotypo）等等。其目的是为了表明这些活的分离物是由模式衍生而来的，但它们本身并非命名模式。
当一个种下的变异在该种内第一次被发现时就自动产生两个种下分类群。包含种的模式标本的那个必须加与种加词相同的加词。例如，Acacia nilotica ssp. nilotica。这样的名称叫做自动名，此标本成为自动模式（autotype）。另一个变异分类群必须有自己的主模式而且要有与种加词不同的加词。例如，Acacia nilotica ssp. indica。
必须建立这样的观点，即运用模式方法（type method）或者模式指定（typification）是一种方法学而不同于类型学（typology），后者是这样一个概念，基于在分类群内找不到变异，相信一个理想的标本或者模型可以代表一个自然的分类群的观点。这种类型学概念在达尔文提出他的关于变异思想以前是非常流行的。
整理引证
一个完整、精确、容易被验证的名称必须伴有首次合格发表的整理或整理们的名字。整理的名字通常采用缩写形式，例如Linn.或者L.代表Carolus Linnaeus，Benth.代表G. Bentham，Hook.代表William Hooker，Hook. f.代表Sir. J. D. Hooker（f.代表fillius，儿子；J. D. Hooker是William Hooker的儿子），R. Br.代表Robert Brown，Lamk.代表J. P. Lamarck，DC.代表A. P. de Candolle，Wall.代表Wallich，A. DC.代表Alphonse de Candolle，Scop.代表G. A. Scopoli，Pers.代表C. H. Person.
单整理
当一个整理提出一个新的种名（或其他分类群）时，整理名字写在种的名称后，例如：Solanum nigrum Linn.
多整理
有些时候由于各种原因可能两个或两个以上的整理都要参与命名。这些不同的情况在整理引证时要区别对待：
1．使用et：当两个或者更多整理发表一个新种或者提出一个新名称的时候，他们的名字要
用et来连接。比如Delphinium viscosum Hook. f. et Thomson。
2．使用圆括号：植物命名的规则具体规定只要一个分类群的名称发生改变，从一个属转移
到另一个属，或者在分类群的等级中升级或者降级，最初的加词必须被保留。这种分类群所提供加词的名称叫做基原异名(basionym)。在改变的名称中，提供加词的原整理或者整理们写在圆括号内，更改此名称的整理或整理们写在圆括号的外面。比如Cynodon dactylon（Linn.）Pers.，基于基原异名Panicum dactylon Linn.，即该种的最初的名称。 3．使用ex：用ex连在一起的两个整理是指第一个整理已经提出了一个名称，但由于不满
足法规的全部或某些规则，由第二个整理合格发表了。例如Cerasus cornuta Wall. ex Royle。
4．使用in：用in连在一起的两个整理是指第一个整理在另一个整理的出版物里发表了一个
新种或一个名称。例如Carex kashmirensis Clarke in Hook. f.，Clarke在J. D. Hooker的出版物《英属印度植物志（Flora of British India）》里发表了这个新种。 5．使用emend：两个整理的名字用订正(emend)来连接。（emendavit：订正者）当第二个整
理在不改变分类群模式的情况下对特征集要和界限进行一些改动。比如Phyllanthus Linn. emend. Mull。
6．使用方括号：方括号用来表示起始点前的整理。比如属名Lupinus由Tournefort1719年正
式发表，但由于这个时间比1753年要早，根据命名法规规定的林奈《植物种志（Species
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plantarum）》为起始日，确切的引证方法应该是Lupinus [Tourne.] Linn.
当命名一个种下分类群时，整理必须同时引证种加词和种下加词。例如Acacia nilotica（Linn.）Del. ssp. indica（Benth.）Brenan.，但是如果是一个自动名（autonym），由于它基于种的同一模式，种下加词不需要引证整理名，例如Acacia nilotica（Linn.）Del. ssp. nilotica。
名称的发表
一个分类群的名称在第一次发表时，必须满足一定的要求才能考虑成为一个合法的名称，这时才能决定一个正确名称。有效的发表需要遵从以下原则：
格式（Formulation）
一个名称应当有恰当的格式并且在整理名字后面有恰当的缩写以表示它的属性。 1．sp. nov. 为新种species nova的缩写，科学上的一个新种；Tragopogon kashmirianus G. Singh,
sp. nov.（1976年发表）。
2．comb. nov. 为新组合combinatio nova的缩写，一个包含基原异名加词的名称改变，最初
整理的名字保留在圆括号内；Vallisneria natans（Lour.）Hara comb. nov.（1974年发表，基于1790年Physkium natans Lour.）
3aaab. et stat. nov. 为改级新组合combinatio et status nova的缩写，一个新组合同时也涉及地
位的改变。基原异名的加词将按照在组合中的计划安排使用。Caragana opulens Kom. var. licentiana (Hand.-Mazz.) Yakovl. comb. et stat. nov.（1988年发表，基于C. licentiana Hand.-Mazz；新组合也涉及从种C. licentiana到Caragana opulens Kom.的一个变种的变化）。
4．nom. nov. 为新名称nomen novum的缩写，此时一个最初的名称被替换并且其加词不能
在新名称中使用。Myrcia luciada McVaugh nom. nov.（1969年发表，替换了M. laevis O. Berg, 1862，一个不合法的异物同名（homonym）M. laevis G. Don, 1832）
然而，这些缩写只有在第一次发表的时候使用。在以后的文献里这些缩写都将被取代，换成发表刊物名称，页码以及发表年限的全部引证，至少也要有发表年限。因此当Tragopogon kashmirianus G. Singh sp. nov.于1976年在书名为《Forest Flora of Srinagar》的第123页、图4中第一次做为新种发表的时候，关于该种任何连续的参考文献引证形式表现为：Tragopogon kashmirianus G. Singh，Forest Flora of Srinagar，p123，f. 4，1976或Tragopogon kashmirianus G. Singh，1976。其他名称可以被引证为Vallisneria natans（Lour.）Hara, 1974，Caragana opulens Kom. var. licentiana (Hand.-Mazz. ) Yakovl., 1988和Myrcia lucida McVaugh, 1969，详细说明发表年限。1953年1月1日或以后发表的、基于一个先前合格发表名称的新组合或者的替代名称（avowed substitute，replacement name, 新名称nomen novum）为不合格发表，除非其基原异名（产生名称或产生加词的异名）或者被替代的异名（当提出一个新名称的时候）清楚地表明并给出了使名称合格发表的整理和包括页码或插图以及日期在内的出版物的完整而直接的文献引用。整理应该在其发表的每个新名称之后引证它们，而不是通过类似于“nobis”（对我们）或“mihi” （对我）等的词句谈论它们。
拉丁文的特征集要
在1935年1月1日及以后发表的所有新种（或其他的科学上新类群）的名称应该有一个拉丁文的特征集要 (Latin diagnosis，对检索特征进行拉丁文描述)。用任何一种语言对种的全部描述并伴有拉丁文的特征集要才构成合格发表。而在1935年1月1日以前用任何一种语言进行描述不伴有拉丁文的特征集要也构成合格发表。对于在1908年1月1日以前发表的出版物带有分解图的绘图（illustration with analysis）不伴随任何描述是有效的。这样，
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从1908年1月1日起用任何一种语言进行描述是必须的。而从1935年1月1日起必须伴有拉丁文的特征集要。至于已知种的名称该变或者新名称，应对原始出版物进行完整的文献印证。
模式指定（Typification）
应该指定一个主模式（holotype）。1958年1月1日或以后发表属或者属以下等级的一个新分类群的名称只有指出其的模式才算有效。1990年1月1日或以后发表属或者属以下等级的一个新分类群的名称，指出的模式必须包括一个单词“typus”或“holotypus”，或它的缩写，甚至是为现代语言中的对等词才算有效。1990年1月1日或者以后发表的一个新种或种下分类群的名称，其模式是一份标本或者未发表的绘图，用于永久保存模式的标本馆或者研究机构必须必须详细注明。2001年1月1日或者以后一个种或种下分类群名称的后选模式指定或者新模式指定是无效的，除非通过使用术语“lectotypus”or“neotypus”，它的缩写，或者为现代语言中的对等词进行指定。被选作模式的标本应该属于一个单个采集。“Echinocereus sanpedroensis”（Raudopnat & Rischer，1995）所依据的一个主模式（holotype）由一个带根的完整植株、一段分离的枝条、一朵完整的花、一朵被切为两半的花和两个果实组成，根据标签，这些材料是在不同时期采自相同的栽培个体，保存在酒精中，在单一的罐中。 这种材料属于超过一个采集，不能作为一个模式。Raudopnat & Rischer 的名称不能作为合格发表。
有效发表
发表通过印刷的形式分送才能成为有效，可以通过出售、交换、或者赠与公众或者至少分送给可被一般植物学家使用的植物学机构的图书馆。在公众集会（public meeting）上宣布新名称，将名称写在标本上或者对公众开放的植物园的标牌上，发行由手稿（manuscript）、打字稿（typescripts）、或者其他未发表材料（unpublished material）制成的微缩胶片（microfilm），或在网上发表（online publication），或传播可散布的电子媒体（electronic media）等，均为无效发表。在报纸（news-paper）、目录（catalogue）（1953年1月1日或以后）和种子交换名单（seed exchang list）（1977年1月1日或以后）里的发表不构成有效发表。在1953年1月1日以前用复制的手写材料（handwritten material），通过某些机械的或者图画的过程复制(擦不掉的手写体indelible autograph)，如平板印刷，胶印或金属蚀刻印刷等材料的发表都是有效的。Salvia oxyodon Webb & Heldr.有效地发表在出售的擦不掉的手写体目录中（Webb & Heldreich, catalogus plantarum hispanicarum… ab A. Blanco lectarum, Paris, Jul 1850, folio）。Journal of International Conifer Preservation Society, Vol. 5[1]. 1997 (1998)由复制的打印文和手写的增加部分和几处改正组成。该手写部分，作为1953年1月1日以后发表的擦不掉的手写体不构成有效发表。有意作为新组合的“Abies koreana var. yuanbaoshanensis”，(p. 53)，由于基原异名的引用为手写体为不合格发表。新分类群全部为手写的记述（p. 61：名称，拉丁描述，模式说明）作为未发表对待。
名称的日期是指合格发表的日期。当合格发表的各种条件不能同时满足的时候，则符合最后一个条件的时间为名称的日期。但是名称在其得以合格发表的出版物中必须被明确地接受。1973年1月1日及其以后发表的不能同时满足合格发表各种条件的名称都是不合格发表，除非完整和直接地引用了满足这些条件的出版物。
1996年1月1日或以后发表的化石植物的新分类群必须伴有拉丁文或英文描述或特征集要，或者引用有意又被有效发表的拉丁或英文描述或特征集要是才能合格发表。
东京法规包括的一条规则（32条，1-2），要在1999年圣路易斯举行的第16届国际植物学大会通过批准，按照该项规则，自2000年1月1日以后为了合格发表，植物和真菌的新
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名称必须被注册（register）。一个试用的注册已经开始，以非强制性为依据，自1998年1月1日起每两年一次。然而提议在圣路易斯未能通过表决，并且所有关于注册的内容从法规中被删除。
改正一个名称原来的拼写不会影响其合格发表的日期。
名称的废弃
为一个分类群选择正确的名称涉及对非法名称的鉴别，即那些不符合植物命名法规规则的名称。一个合法名称不能仅仅因为其名称或加词不合适或者不适意，或者有其他更合意或更熟悉的名称存在，或者其名称失去了其原来意思就废弃它们。名称Scilla peruviana L. （1753） 不能因为不生长在秘鲁（Peru）就被废除。以下任何一种或多种情形都会导致名称被废弃：
1．裸名Nomen nudum（缩写为nom. nud.）：没有伴有描述的名称。Wallich于1812年在他
的Catalogue（缩写为Wall. Cat.）中发表的很多名称都属于裸名。这些名称有的在以后的时间里被其他整理提供了描述（例如Cerasus cornuta Wall.ex Royle），或者有的在那个时期被一些其他整理用作别的种的名称，裸名即使是合格发表也要被废弃，必需选定一个新的名称。（例如Quercus dilatata Wall.，属于裸名被废弃，取代它的另一名称为Q. himalayna Bahadur, 1972）。
2．名称非有效发表，格式不正确，缺乏模式指定或没有拉丁文特征集要。
3．重词名称Tautonym：尽管动物命名法规允许属名和种加词重复（例如，Bison bison），
但在植物命名法规中这类名称称为重词名称（例如Malus malus），并且这种名称是被废弃的。在重词名称中的两个词必须完全一致，显然像Cajanus cajan或者Sesbania sesban等名称不属于重词名称而且是合法的。一个种下加词中的与种加词的重复不构成重词名称而是合法的自动名（autonym）（例如Acacia nilotica ssp. nilotica）。
4．晚出同名Later homonym： 正因为每个分类群必须有唯一正确的名称，法规同样不允
许同一个名称被用于两个不同的种（或分类群）。因此，如果存在这种情况就构成了同名（homonym）。发表日期较早的名称称为早出同名（earlier homonym），发表日期较晚的称为晚出同名(Later homonym)。法规拒绝晚出同名即使早出同名是非法的。Z. jujuba Lamk., 1789被当做栽培果树印度枣的正确名称很长时间。但是它被查明是一个近缘种枣Zizyphus jujuba Mill., 1768的晚出同名，因而双名Z. jujuba Lamk.,1789被废弃，印度枣的正确名称为Z. mauritiana Lamk., 1789。同样，尽管扁桃最早的名称是Amygdalus communis Linn., 1753，但是当它移被到李属Prunus时，其名称Prunus communis (Linn.) Archangeli 1882则变成了一种李属植物Prunus communis Huds., 1762的晚出同名。P. communis (Linn.) Archangeli 1882作为扁桃的名称就这样被P. dulcis (Mill.) Webb, 1967替代。当基于不同模式的两个或更多的属名和种名非常相似，以至于它们很可能被混淆（因为它们被用于近缘类群或任何其他原因），这些名称被当作同名。被当作同名的名称有：Asterostemma Decne.(1838)和Astrostemma Benth.(1880)；Pleuropetalum Hook. f.（1846）和Pleuripetalum T. Durand（1888）；Eschweilera DC.(1828)和Eschweileris Boerl.(1887)；Skytanthus Meyen(1834)和Scytanthus Hook.(1844)。Bradlea Adans. (1763)、Bradleja Banks ex Gaertn. (1790) 和Braddleya Vell. (1827) 等三个属名均为纪念Richard Bradley，它们被当作同名，因为只有使用其中一个才不会导致混乱。接下来这些同一属下的种加词也将形成同名：chinensis 和sinensis；ceylanica和 zeylanica；napaulensis，nepalensis 和nipalensis。
5．晚出等名Later isonym：当同一名称被不同的整理在不同的时间基于同一模式分别独立
的发表时，在这些所谓的“等名（isonym）”中，只有最早的名称拥有命名地位。名
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称总是从合格发表的最原始文献中被引证，而晚出 “等名”可能被忽略。Baker（1892）和Christensen(1905)各自独立发表了名称Alsophila kalbreyri 作为A. podophylla Baker (1891) non Hook.(1857).的替代名称。因为Christensen发表的Alsophila kalbreyri是A. podophylla Baker一个晚出 “等名”，因此没有命名地位。
6．多余名称Nomen superfluum (缩写为nom. superfl.)：一个名称如果在命名上是多余发表，
这个名称就是非法名称，必须被废弃。这就是说，根据整理所确定的范围，该名称所代表的分类群包括了按照规则应该被采用的另一个名称或加词的模式。因此当Physkium natans Lour., 1790被转移到另一属Vallisneria时，加词natans应该被保留，但是de Jussieu 使用了名称Vallisneria physkium Juss., 1826，这个名称就变成多余名称。于是这个种被正确地命名为Vallisneria natans（Lour.）Hara，1974。一个基于多余名称的组合名称也是非法名称。Picea excelsa (Lam.)Link 是非法名称，因为它基于一个Pinus abies Linn., 1753的多余名称Pinus excelsa Lam.，1778。在Picea下，合法的组合名称是Picea abies (Linn.) Karst. 1880。
7．模糊名称Nomen ambiguum（缩写为nom. ambig.）：如果一个名称被不同的整理用于表
达不同的含义并且已经变成了一种持久的错误来源，该名称应该被废弃。Rosa villosa Linn.被废弃因为它已经被用在几个不同种上并且已经变成了一种错误的来源。 8．混淆名称Nomen confusum（缩写为nom. confus.）：如果一个名称基于一个包含两个或两
个以上完全不一致的分子的模式，因此很难选择一个令人满意的后选模式，该名称被废弃。例如，属Actinotinus的特征来源于两个属Virburnurn和，由于采集者在一个Aesculus 顶芽中插入了Virburnurn的花序。因此名称Actinotinus必须被废弃。 9. 可疑名称Nomen dubium（缩写形式为：nom. dub.）：一个名称如果为可疑名称就会被废
弃。也就是说，因为该名称不能建立它应该属于的那个类群，所以无法准确使用。林奈（1753）针对一群几个变种创立了名称Rhinanthus crista-galli，可是他后来采用分离的名称描述，而废弃了名称R. crista-galli Linn.。但是，后来的一些学者继续在不同的场合使用这个名称，直到Schwarz（1939）才最终把这个名称归为可疑名称（Nomen dubium），而该名称也最终被废弃。
10. 基于变体的名称Name based on monstrosity：一个名称如果是基于一个变体(monstrosity)
则必须被废弃。属名Uropedium Lindl., 1846是基于现在所指的种Phragmidium caudatum (Lindl.) Royle, 1896的一个变体，因此属名Uropedium Lindl.必须被废弃。同样的，名称Ornithogallum fragiferum Vill., 1787也是基于一个变体，因此也应当被废弃。
优先权原则
优先权原则解决为一个分类学上的类群选择唯一正确名称问题。经过对合法名称（legitimate name），非法名称（illegitimate name）的鉴定和非法名称被废弃后，众多合法名称中将有一个正确名称被选定。如果一个分类群有多于一个的合法名称，那么相同等级中最早的合法名称为正确名称。对于种及其以下分类等级的名称可以是最早的合法名称或者基于最早的合法的基原异名（basinym）的组合名称，除非组合名称变成一个重词名称或者晚出同名，而使其成为非法名称。下面通过一些例子说明优先律：
1．睡莲属Nymphaea同一个种的三个普通已知双名是N. nouchali Burm. f., 1768，N.
pubescence Willd., 1799和N. torus Hook. f. et T., 1872。根据优先权规则，N. nouchali Burm. f. 作为正确名称，因为它发表的日期最早，其他两个名称作为异名（synonym），引证时书写如下：
Nymphaea nouchali Burm. f.，1768
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N. pubescence Willd., 1799 N. torus Hook. f. et T., 1872
2．Loureiro1790年采用名称Physkium natans描述了一种植物，随后，被A. L. de Jussieu于
1826年将其转移到Vallisneria属下，但遗憾的是，他忽视了加词natans这个名称，并使用了一个双名Vallisneria physkium来代替，后者是一个多余名称（Nomen superfluum）。后来，带有单独模式指定的两个亚洲种分别以名称V. gigantea Graebner, 1912和V. asiatica Miki，1934被描述。Hara在仔细研究了亚洲标本后得出结论，所有这些名称均为同物异名，并且鉴定为V. spiralis Linn.的也是该种，被鉴定为V. spiralis Linn.的大部分亚洲标本并不产于亚洲。因此基于Physkium natans Lour.的存在而没有合法的组合名称。他在1974年提出了一个组合名称V. natans（Lour.）Hara。这些异名应该引证如下：
Vallisneria natans (Lour. ) Hara，1974 Physkium natans Lour., 1790——Basionym V. physkium Juss., 1826——nom. superfl. V. gigantea Graebner, 1912 V. asiatica Miki, 1934
V. spiralis auct.（non Linn., 1753）
这个例子中种的正确名称是最近的名称，但是它是基于最早的基原异名（basinym）。必须注意Physkium natans和Vallisneria physkium都是来自于作为正确名称V. natans的模式，并且被认为是命名法异名（nomenclatural synonym）或者同模式异名（homotypic synonym）。这三个必须在所有的引证中保留在一起。其他两个名称V. gigantea 和V. asiatica 是基于独立的模式并且根据分类上的判断有可能被认为是或不是V. natans的异名。这样的异名，是基于与正确名称不同的一个模式，被认为是一个分类学异名（taxonomic synonym）或者异模式异名（heterotypic synonym）。V. spiralis auct.(auctorum-整理)是亚洲标本被错误鉴定为V. spiralis Linn.。
3．1753年林奈首次将普通的苹果以名称Pyrus malus作了描述，该种随后转移到苹果属
Malus，但是形成的组合Malus malus (Linn.) Britt.，1888因为变成重词名称而不能作为一个正确名称。苹果属Malus中可用于苹果两个其他的双名包括M. pumila Mill., 1768和M. domestica Mill., 1863，前者因为时间较早而被选定为正确名称，引证如下： Malus pumila Mill.，1768 Pyrus malus Linn.，1753 M. domesticaborkh.，1803
M. malus（Linn.）Britt.，1888－Tautonym
尽管最早的名称Pyrus malus是完全合法的，但由于该种现在置于苹果属Malus中，而Malus malus是一个重词名称，因此它就不能作为正确名称的一个基原异名。
4．1753年林奈首次将扁桃以名称Amygdalus communis进行了描述。1768年Miller将其描
述的另一个种命名为A. dulcis。这两个名称现在认为是同物异名。随后，桃属Amygdalus并入李属Prunus，并基于它以前的名称Amygdalus communis Linn. 于1882年建立了组合名称Prunus communis（Linn.）Archangeli。后来，Webb发现双名Prunus communis已经被Hudson在1762年用于另一个不同的物种，Prunus communis（Linn.）Archangeli是一个晚出同名随后即被废弃，于是Webb使用了下一个可用的基原异名Amygdalus dulcis Mill. 1768，并建立扁桃的正确名称为Prunus dulcis (Mill. ) Webb., 1967。1801年另一个双名Prunus amygdalus Batsch也因为没有注意到早期名称而没有承认。扁桃的引证如下：
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Prunus dulcis（Mill.）Webb，1967
Amygdalus dulcis Mill.，1768－Basionym A. communis Linn.，1753
P. communis (Linn. ) Arch.，1882（non Huds.，1762） P. amygdalus Batsch，1801
当两个或更多个同时发表的名称被归并时，第一个进行归并的整理有权从中选择一个正确名称。1818年，Brown首次将Waltheria americana L.，1753和W. indica L.，1753归并，并采用W. indica作为归并种的名称，于是这一名称认为比W. americana具有先权。属名Thea L.和Camellia L.被认为同时发表于1753年5月1日，1818年Sweet首次将这两个名称合并并选用名称Camellia，引证时把Thea作为异名。
优先权原则的限制
优先权原则在使用时有以下一些限制：
起始日期
优先权原则起始于林奈1753年5月1日出版的《植物种志（Species plantarum）》，不同类群的开始日期包括：
种子植物（seed plants），蕨类植物（Pteriodophytes），泥炭藓科（Sphagnaceae），苔类（Hepaticae），大部分的藻类（algae），粘菌（slime moulds）和地衣（lichens）…… ………………………………………………………………………... 1753年5月1日 苔藓（不包括泥炭藓科（Sphagnaceae））…………………………….1801年1月1日 真菌（Fungi）………………………………..………………………1801年12月31日 化石（Fossils）………………………………………………………1820年12月31日 藻类（念珠藻科Nostocaceae）……………………..…………………1886年1月1日 藻类（间生藻科Oedogoniaceae）……………………………….……1900年1月1日 在这些日期之前发表的各个类群在确定优先权时被忽略。
不超越科的等级
优先权原理仅适用于科以下的分类等级而不能超越科。
不超出等级之外
在为一个分类群选择一个正确名称时，需要考虑在本等级里选择可用的名称或加词。只有当一个正确名称在本等级中不可用时才可以使用其他等级的加词建立一个组合。因此，组（section）水平上的正确名称是Campanula sect. Campanopsis R. Br.，1810，当它被提升为一个属时正确名称是Wahlenbergia Roth, 1821，而不是Campanopsis （R. Br.）Kuntze，1891。下列名称是一些异名：
Lespedza eriocarpa DC. var. falconeri Prain，1897 L. meeboldii Schindle，1911
Campylotropis eriocarpa var. falconeri （Prain）Nair，1977 C. meeboldii （Schindle）Schindle，1912
如果采用属Campylotropis，种水平的正确名称应该是C. meeboldii，因为忽略了变种水平的早期加词。如果当变种处理，根据这一等级最早的加词，其正确名称应该为C. eriocarpa var. falconeri。如果采用属Lespedza，种水平的正确名称应该是L. meeboldii，但在变种水平应该是L. eriocarpa var. falconeri。
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当变种Magnolia virginiana var. foetida L.，1753提升为一个种的等级时，其名称为M. grandiflora L.，1759，而不是M. foetida（L）Sarg., 1889。
保留名（NOMINA CONSERVANDA）
保留名（Nomina conservanda，简写为nom. cons.）：优先权原则的严格使用导致了大量的名称变化。为了避免许多著名的科或属（尤其是那些包含许多物种的科属）的名称改变，已经列出一个被保留科属名称的清单，并做了相应的改变发表在法规中。这种保留名作为一种正确名称用来代替较早的合法名称，这些名称为被废弃的名称或应该废弃的名称（nomina rejicienda，简写为nom. rejic.）。科名Theaceae D. Don，1825就是这样针对Ternstroemiaceae Mirbe，1813被保留。属名Sesbania Scop.，1777针对Sesban Adans.，1763和Agati Adans.，1763被保留。
种名的保留
尽管农学家和园艺学家一再声称厌恶因为优先权原则的严格应用导致名称的不断变化，但一个很长的时期分类学家们并不同意在种水平上保持名称不变，巨大的压力以及发现Triticum aestivum Linn.并不是普通小麦的正确名称，迫使分类学家们同意了1981年悉尼大会上关于对重要经济价值物种名称保留的条款。结果，Triticum aestivum Linn.是第一个在1987年柏林大会上被保留的物种，并于1988年附随在法规中发表，伴随的另一个被保留的种名便是Lycopersicon esculentum Mill.。
林奈在他的《植物种志（Species plantarum）》中描述了两个种Triticum aestivum和T. hybernum，均发表于1753年同一日期。根据命名规则，在同一日期发表的两个种被归并时，最先归并的整理有选择正确双名的优先权。长久以来，人们以为首先把这两个种归并的整理是Fiori和Paoletti，他们于1896年选择T. aestivum Linn作为正确名称。但是Kerguélen(1980)指出，第一个将这两个种归并的整理实际上是Merat(1821)，他选择T. hybernum而不是T. aestivum。名称T. aestivum Linn提出保留并确立的整理是Hanelt和Schultze-Motel(1983)，这成为在柏林大会上被通过的第一个经济植物，避免了名称Triticum aestivum进一步变动的危险。
在1768年，P. Miller为西红柿提出了一个新的名称，Lycopersicon esculentum，该种在1753年被林奈较早时期命名为Solanum lycopersicum。1882年Karsten把名称改为Lycopersicum lycopersicum (Linn.) Karsten，保留了林奈使用的加词，但是由于这个名称为重词名称，它不能作为西红柿的正确名称。Nicolson（1974）提出拼字上改正的名称Lycopersicon lycopersicum (Linn.) Karst.，认为Lycopersicum与Lycopersicon只是拼字法差异。因此Lycopersicon lycopersicum不再是重词名称，被接受为正确名称。但是，由于Lycopersicon esculentum Mill.，1768是一个更为人熟悉的名称，Terrel（1983）提出一个对它进行保留的建议，与小麦名称Triticum aestivum Linn.一同得到柏林大会的通过。单就种子植物而言，一份从仅仅只有5个保留名的名单在东京法规中逐渐增加到近60个。列于这个附录中的名录完全采用规则14.4的有关种的规定。无论是一个被废弃的名称，还是基于一个被废弃名称建立的任何组合均不能被用于包含其相应保留名模式的分类群（规则14.7；也见规则14.2）。因此，基于保留名称的组合在有效性上同样被保留。下面给出的物种名称的大部分例子已经被确定为保留名称（名称有‘＝’号标记，表示分类学异名，有‘＝＝’号标记表示命名法异名，与保留名称相冲突的双名）。有些保留名称没有相应的废弃名称，因为这些名称仅就一个特定的模式而被保留：
Allium ampeloprasum L., 1753(=) Allium porrum L., 1753. Amaryllis belladonna L.
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Bombax ceiba L.
Carex filicina Nees, 1834 (=) Cyperus caricinus D. Don, 1825
Hedysarum cornutum L., 1763 (= =) Hedysarum spinosum L., 1759
Lycopersicon esculentum Mill., 1768 (= =)Lycopersicon lycopersicum (L.) H. Karsten ,1882 Magnolia kobus DC., 1817
Silene gallica L., 1753 (=) Silene anglica L., 1753.
(=) Silene lusitanica L., 1753
(=) Silene quinquevulnera L.,1753.
Triticum aestivum L., 1753 (=) Triticum hybernum L., 1753
杂种的名称
通过使用乘号（multiplication sign, ‘×’）或者在表明该分类群等级的术语前加前缀‘notho-’来表示杂种状态，分类群主要的等级是杂交属nothogenus和杂交种nothospecies。一个以具有名称的分类群之间的杂交类群可以通过在分类群名称之间加乘号来表示；这种方式称为杂种表达式（hybrid formula）。
1. Agrostis ×Polypogon
2. Agrostis stolonigera×Polypogon monspeliensis 3. Salix aurita×S. caprea
杂种表达式中的名称或加词一般最好按字母顺序排列。杂交的方向（direction of cross）可在表达式中加上性别符号（♀：雌；♂：雄）来表示，或者直接把母本写在前面。如果不按字母顺序，应清楚地指明其方式。
一个杂交个体既可能是种间杂种（interspecific, 同属的两个种之间），也可能是属间杂种（intergeneric，不同属的两个种之间）。一个种间杂种（interspecific hybrid或nothospecies）（如果自我繁殖和/或生殖隔离）的双名确定是通过把叉号（如果用乘号，直接加在种加词之前，如果用‘x’，要带空格，在下面的例子中见到）写在种加词的前面，就像下面的例子一样（如果亲本确定，则杂交表达式应该被添加在圆括号内）。
1．Salix x capreola (S. aurita × S. caprea)
or Salix ×capreola (S. aurita × S. caprea)
2．Rosa x odorata (R. chinensis × R. gigantea) or Rosa ×odorata (R. chinensis × R. gigantea)
种间杂种的变异体被命名为种间杂种亚种（nothosubspecies）和种间杂种变种（nothovarieties），例如Salix rubens nothovar. basfordiana。
如果要给属间杂种一个明确的属名，则需要用一个亲本属名的前面(或全部)部分和另一个亲本后面(或全部)部分(但不是两个亲本属名的全部)，叉号写在杂种属名的前面，从而形成一个简化表达式（condensed formula）。例如×Triticosecale(或x Triticosecale)来自于Triticum和Secale，×Pyronia(或x Pyronia)来自于Pyrus和Cydonia。名称应该如下书写:
1．×Triticosecale(Triticum×Secale) 2．×Pyronia (Pyrus×Cydonia)
来自于四个或四个属以上的属间杂交的杂种属名由一个人名加上词尾-ara组成；这样的名称不能超过8个音节。这样一个名称表示为简化表达式：×Potinara（Brassavola×Cattleya×Laelia×Sophronitis）
三属杂交的杂种名称构成如下：（a）三个亲本属名合并成一个不超过八个音节的一个单
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词的简化表达式，其中用第一个属名的全部或第一部分，接着是另一个的全部或一部分，最后是第三个的整个或最后一部分（但不是三个亲本属名的全部）。或者（b）同于四个或更多个属间杂种名称的构成，即有一个人名加上词尾-ara：
×Sophrolaeliocattleya（Sophronitis×Laelia×Cattleya）
当一个属间杂交的名称来自于一个人名加上词尾-ara时，这个人必须是采集者、栽培者或者该类群的研究者。
一个属间杂种的双名同样应该书写如下：
×Agropogon lutosus（Agrostis stolonifer×Polypogon monspeliensis）
应该注意的是，一个种间杂种的双名在种加词前面有一个叉号，而一个属间杂种的叉号放在属名前面。因此，杂交属的名称以及属下等级杂交类群的名称都为简化表达式或被如此对待，它们没有模式。
种或种以下等级的杂交类群名称具有模式，亲本说明在确定该名称的应用中起次要作用。
两个种的嫁接通过在两个作为嫁接种的名称中间加‘+’号表示，例如，Rosa webbiana + R. floribunda。
栽培植物的名称
栽培植物的名称是由国际栽培植物命名法规（ICNCP）所规定的，最新的版本是1995年（Trehane等）。大多数规则都是来自于国际植物命名法规（ICBN），并增加了一个栽培变种的识别等级cultivar（缩写为cv.）。栽培植物的名称不用斜体书写，它以大写字母开头，并且不是拉丁文，而是一个普通名称。它既可以通过在其前面加cv.表示，如Rosa floribunda cv. Blessings 或者简单地用单引号进行标记，如Rosa floribunda‘blessings’。栽培植物也可以直接依据一个属命名（例如Hosta ‘Decorata’），或者一个杂交种（例如Rosa×paulii‘Rosae’）或者直接依据一个普通名称（例如Hybrid Tea Rose‘Red Lion’）。源于Triticum×Secale杂交植物的正确属间杂种的名称是×Triticosecale Wittmack ex A. Camus。在种的水平上没有正确名称为最普通的作物黑小麦来命名。有人建议作物黑小麦可以通过对属间杂种的名称附加栽培植物的名称命名，例如，×Triticosecale‘Newton’。从1959年1月1日起，发表新的栽培植物名称必须有一个不管以任何语言发表的相关描述，而这些名称还不能与任何属或种的植物学名称或普通名称相重复。因此，栽培植物名称‘Rose’、‘Onion’等不被认为是一种栽培植物的名称。一个被承认的栽培植物的名称是通过合适的注册权威（Registering authorities）来注册的，从而可以防止栽培植物的名称重复或者滥用。注册权威按照玫瑰、兰花以及一些其他类群或属分别存在。
统一的生物命名
生物学作为一门科学具有不平常的意义，对其研究对象进行命名要采用五个不同的命名法规：国际动物命名法规（ICZN）用于动物，国际植物命名法规（ICBN）用于植物，国际细菌命名法规（ICNB）现在称为细菌学法规（BC）用于细菌，国际栽培植物命名法规（ICNCP）用于栽培植物，和国际病毒分类和命名法规（ICVCN）用于病毒。对生物有机体学名的一般使用者来说，在许多情况下会出现很多内在的混乱：对于引证名称，不同规则的建立遵循不同的惯例，在相同等级提供不同形式的名称，以及尽管最初的每个名称都是基于发表的优先权，但在怎样确定选择正确名称还是有所不同。
法规的多样性也能够制造出很多严重的问题，例如，在决定那些界限并不清楚的植物、
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动物或细菌即所谓的模糊有机体（ambiregnal organism），或者那些已经很好地建立起了正确的遗传亲缘关系但是传统上将其处理为一个不同的类群（例如蓝细菌Cyanobacteria）。此外，随着电子信息重新得到发展，由于常常在不清楚分类关系的情况下使用学名，使得引证方法出现分歧、制造同名等问题日趋严重，例如，植物和动物就有许多问题和频繁出现混淆。生物法规（BioCode）和系统发育法规（PhyloCode）正是朝着建立统一的法规而努力。前者保留着林奈分类系统的阶层等级，而后者是基于系统发育系统建立的，等级更少。
生物法规草案（Draft BioCode）
寻找一些所有生物法规相似性的愿望有时已经成为一种需要（见Hawsworth，1995），并且关于这方面探讨的会议于1994年3月在英国UK, Egham召开。由于认识到在全球通讯中生物体的学名是至关紧要的问题，形成的决议不仅包括同意逐步协调现有的术语和程序，还包括要建立一个统一的生物命名系统的愿望。生物法规草案是该方面的首次公布。这个草案在1995年开始准备，在连续进行了四个草案的讨论之后，由国际生物名称发布委员会（International Committee for Bionomen-clature, ICB）拟名为生物法规草案（Draft BioCode, 1997）由Greuter等人发表（1998），现在在皇家安大略湖博物馆（Royal Ontario Museum）的网上可以查到：（bbb://aaaromaaa.ca/biodiversity/biocode/biocode97.html）。
突出特征
主要依据植物法规的式样，这个生物法规草案的突出特征包括： 1．一般特点（General points）：没有列出实例，在现阶段注释被省略，尽管有些毫无疑问
是需要的。大量的条款和段落已经被删减；生物法规草案只有41个条款，而圣路易斯法规有62个条款。
2．分类群（Taxa）和等级（Ranks）：植物法规的现存等级在生物法规草案中依然保持，并
且一些假设性的等级也被加入其中：域domain（在界以上），用于原核或真核生物（pro-/eukaryotes），总科superfamily（在动物学中广泛使用），选择在尚未加前缀的等级指示前加入前缀super-。短语“科群family group”是指总科（superfamily）、科（family）和亚科（subfamily）的等级，“科下分类等级subdivision of a family”仅指在科群和属群之间的一个等级类群。“属群genus group”是指属（genus）和亚属（subgenus）的等级；“属下分类等级subdivision of a genus” 仅指在属群和种群之间的分类等级；“‘种群’ species group”是指种（species）和亚种（subspecies）的等级；而术语“亚种以下等级infrasubspecfic”是指‘种群’以下的等级。 3．地位（Status）：就本法规的目的而论，已建立名称（Established name）是指那些符合
本法规相关条款发表的，或者被有效发表（早于200n年1月1日发表）的，或者在相关的特别法规下可以找到的名称。可接受名称（acceptable）是指那些与规则相一致的名称，而触及了同名规则的名称是不可接受的，此外，在200n年1月1日前发表的名称，依照相关特别法规既不是非法名称也不是最晚的名称。在科群、属群或种群，一个具有特定范围、位置和等级分类群的可接受名称是指遵照规则必须被采纳的可接受名称。不属于科群、属群、种群的分类等级，任何已建立名称，只要被某一特定整理采纳，那么它就是一个可接受名称。在本法规里，除非特别指明，否则单词“名称”是指已建立名称，不管它是否被接受。一个分类群的名称包含一个属名联合一个加词被称为双名；一个种名联合一个种下加词被称为三名；双名或者三名也称为组合。 4．名称的建立（Establishment）：在200n年1月1日及其以后要使名称得以建立，一个分
类群的名称必须按照有关发表（publication）规则的要求进行发表，这种发表是必需的，类似于植物学中的有效发表（Effective publication）。建立名称的规则（植物法规的有
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效发表）与植物法规大体相似，但稍有改变。新的分类群需要有拉丁文或者英文描述或特征集要（这里拉丁特征集要不是强制性的）。科群或者属群内等级的改变，或者种群内等级的提升并不要求正式建立一个新的名称或组合。为了使名称被建立，一个新的化石植物类群种或种下等级的名称必须伴有显示鉴定特征的一张绘图或图片，此外，还要有描述或特征集要，或对先前发表的一张绘图或图片进行文献引证。这个要求同样适用于在这些等级的非化石藻类新分类群名称的建立。只有相应的属或种的名称被建立才能建立次级分类群的名称。依照生物法规的名称建立（有效发表）包括科群、属群以及种群在内的等录，作为满足有效发表的现在要求之后的最后一步。 5．模式指定（Typification）：在属级或属下分类等级，一个命名上分类群的模式是一个命
名上的种。科群或更高分类等级的一个命名上分类群的模式，其名称最终基于一个属名，而且是命名上的属。对于总种（superspecies）、种或种下分类群的名称，其模式是一份标本，这份标本可以存放于博物馆里的广口瓶中、标本馆的台纸上、做好的幻灯片、或者装配好的低温干燥的针管。它应该处于非代谢的休眠状态。模式指定必须通过发表和注册，非模式状态（typeless）（‘descriptive’）的名称没有一个代表的模式，而是由一些特征（charater/s）的描述组成，适合于被范围限定的分类群，并且被毫无改变的用于科以上等级的不同阶层中。 6．注册（Registration）： 注册受提交发表资料的影响，包括原始记述（protologue）或命名
活动提交给由相关国际实体指派的一个注册办公室。而这些所提及的相关要求都基于植物法规（东京法规，1994），尽管它已经被废弃（圣路易斯法规，2000），但在植物法规中的注册去除所有的引证。名称的日期为其注册的日期，即在注册办公室收到相关材料的日期。当互换名称（同模式名称）被同时提出作为一个类群以及相同类群（相同等级和相同地位）的注册时不能认为被提交。当有一个或多个其它条件不能满足名称的建立而优先注册时，必须在满足这些条件后才能重新提交进行注册。 7．优先律原则（Precedence/priority）：为了优先，一个名称的日期既是归因于它出现于一
个正式通过的保护名称目录（List of Protected Names）或者对未列入目录者，其日期可以基于植物法规或者细菌学法规规定的有效发表日期，或者依照动物法规成为可用名称的日期，或者依照现在的法规名称被建立的日期。优先律的限制在于先前的法规影响了一些特定类群或者一些特定种类的名称（尽管在现在的法规中没有提供），这些名称只要是在200n年1月1日前发表就依然被沿用。对优先律的限制在很大程度上类似于植物法规。保留和废弃程序将在很大程度上保持在现在的法规中。批准有关旧有名称的植物学程序只有并且需要在未来的生物法规中被提供。 8．同名规则（Homonymy）：对同名规则来说，主要变化细节将是在未来，它将管理交叉的
界。为了使这种预见成为可能，必须建立所有能够公开获得的已知有机体的属名名录，以电子格式最为理想；显然，大多数的这种名录已经存在，但一般还不能得到。一各目前使用的跨界（across-kingdom）的属的同名名录正在整理之中，下一步，一个在相应属内的双名名录整理列入计划，这样，未来的工整理会避免制造新的（非法的）同名双名。现存的夸界同名不会失去它们作为可接受名称的地位，却能有益于生物学索引的建立者以及应用者。现存的名称不会受到现在所提出的规则影响。在ICZN中实行的‘次级同名（Secondary Homonymy）’在生物法规中并未采纳。 9．整理引证（Author citation）：生物法规草案发出了与植物学传统不同的一个新的开始信
号，因为植物学过分强调整理引证的使用，即使在上下文中这种引证即没有信息价值也不是真正固有。这还需时间的变化，因为目前的状态显示以前那种传统正在崩塌（Garnock-Jones and Webb, 1996）。第40.1款内容反映了这种新的态度。 10．杂种（Hybrids）：出现在植物法规附录中的杂种在生物法规草稿中被替换为一个单独的
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条款。这样的极度简化在某种程度上不会对杂种名称在现在以及将来的使用陷入混乱，但是会使其基础产生哲学上的变化。更重要的是，分类学和命名被解开，符合原则Ⅰ。生物法规并不包括栽培植物。
系统发育法规（PhyloCode）
系统发育法规是由国际系统发育命名委员会（International Committee on Phylogenetic Nomenclature）在系统发育分类学的哲学（the phylosophy of Phylogenetic taxonomy）上提出的，用只承认种和‘进化枝（clade）’的少等级的分类系统以代替多等级的林奈系统。该法规试图囊括所有的生物学实体，生活的以及化石。系统发育法规的基本原则是一个分类群名称的根本目的在于为一个分类群提供明确的身份而不是指明它的关系。系统发育法规由此提出现在的林奈命名系统（体现于现存的植物法规、动物法规和细菌学法规）并不能很好的适用于指导进化枝和种的命名，而种是组成生命之树的实体，是有机体水平以上最有意义的生命实体。等级安排是主观的并且在生物学上毫无意义。系统发育法规将提供一种规则通过对系统发育明确的引证用以表示对生命之树（包括种和进化枝）部分命名的目的。为此，系统发育法规突出“进化树思想（tree-thinking）”的命名方式。这样的设计能够使其普遍地应用于现有的法规或者（在管理种名的规则被增加后）作为管理分类群名称的唯一法规，假如科学的共性最终决定应该如此。
系统发育法规的起始日期还没有被确定，并且按照在生物法规草案中的200n年1月1日被引用。用于命名进化枝的规则也将最终会应用于命名种。该系统中，门类“种”和“进化枝”不是一个等级而是不同的生物实体。一个种是一个居群世系的一个部分，而一个进化枝是一个种的单系类群。系统发育系统和传统系统的根本区别在于种以上名称的确定如何导致在对同名和异名的确定的操作上差异。例如，按照系统发育法规，异名是那些由系统发育定义详细阐明同一进化枝的名称，而不考虑与特定等级的优先相了解；相反，在现有的命名法规中，异名是指在所关心类群内基于模式的同一等级的名称，而不考虑与特定进化枝的优先相关联。所有建立的名称进行注册的要求将减少同名的出现频率。
系统发育命名相对于传统的命名系统被认为有几个优势。在一些进化枝名称的例子中，它删除了不稳定性的一个主要来源，采用现有植物法规，名称的改变仅仅是由于等级的变化。同时也便于对所发现的新进化枝命名，并且不用等到发展出一个按照现有法规的完整分类系统。这是一个特别的信号，分子生物学和计算机技术的新进展已经导致关于系统发育新信息的爆发，大部分的这些信息目前尚未转输到分类学。本系统发育法规的可利用性将使研究者相对于采用现有的法规更容易对新发现的进化枝进行命名。现在，系统发育法规不仅有用于进化枝的规则，而且还延伸到种，通过移去与一个属名的关联，必将更好的改善命名的稳定性。采用系统发育法规将种名与一个或更多个与其相关的进化枝相了解，从而容易确定系统发育的地位。系统发育法规另外一个优点是废弃等级，消除了大多数分类学的主观性。等级划分的主观属性对非分类学家来说并未被广泛意识到。
系统发育法规的概念最早由de Queiroz & Gauthier(1992)提出。系统发育法规的发展归因于从1990年的一系列论文以及三次座谈会，第一次座谈会于1995年，第二次于1996年，第三次在美国密苏里州圣路易斯召开的第16届国际植物学大会期间进行（1999），会议标题为“系统发育命名的回顾和实际含义”，会议对以往工作进行了总结。系统发育法规的最新版本可以在网上获得bbb://aaaohiou.edu/phylocode/，2002年7月。
导言（Preamble）
1．生物学要求一个准确、连贯的国际系统来命名生物有机体的进化枝和种。为了满足这种
需要，本系统发育法规尝试提出了命名进化枝（这一版本）和种（未来版本）的规则，
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并且在此基础上描述了命名原则。
2．系统发育法规适用于所有生物有机体的进化枝（这一版本）和种（未来版本）的命名，
无论是现存的还是灭绝的。
3．系统发育法规可以和先前存在的法规同时使用。
4．尽管系统发育法规依赖于先前存在的法规（即国际植物命名法规（ICBN）、国际动物命名
法规（ICZN）、国际细菌命名法规（ICNB/BC）、国际病毒分类和命名法规（ICVCN）），为了决定现有名称的可接受性，本法规它对这些名称的管理独立于先前存在的法规。 5．系统发育法规包括规则、建议和注释。规则是强制性的。建议是非强制性的，但是鼓励
系统学家遵循。注释仅仅为了说明。
6．系统发育法规将从200n年1月1日开始生效，并且没有追溯既往之效。 正文
1．参考性（Reference）。分类群名称的最主要目的是提供一个参照分类群的手段，诸如对
应地指示它们的特征、关系或成员。 2．明确性（Clarity）。分类群的名称在特殊类群的指定上应当是毫不含糊，命名的明确性通
过明确的定义实现。 3．唯一性（Uniqueness）。为了提高明确性，每个分类群只能有一个被接受的名称，每个被
接受的名称只能对应一个分类群。 4．稳定性（Stability）。分类群的名称随着时间的过去不应当发生变化。由此推论，在不改
变先前发现分类群的名称去命名新发现的分类群是非常可能的。 5．系统发育关系（Phylogenetic context）。本系统发育法规关注在系统发育关系内分类群的
命名和分类群名称的应用。
6．系统发育法规允许分类学观点的自由，注重关于关系的假设；它只关心在一个给定的系
统发育假设的上下文关系中如何使用名称。
显著特征
目前系统发育法规只有用于进化枝的规则，对于种的规则还有待于今后补充。 1.分类群（Taxa）：分类群可以是进化枝也可以是种，但是只有进化枝名称可以应用系统发
育法规的这个版本进行管理。每个独立的生物个体至少属于一个进化枝（即进化枝包含所有生命）。每个生物体也属于许多巢状的进化枝（尽管包含所有生命的进化枝不属于任何其他进化枝）。在本法规中，术语“种”和“进化枝”指不同种类的生物实体，而非等级。与先前存在的法规相比，异名原则（synonymy）、同名原则（homonymy）和优先律（precedence）在本法规中采用的概念是独立于分类等级的。 2.发表（Publication）：法规的条款不仅适用于名称的发表，而且适用于任何命名活动的发
表（比如一项保留一个名称的提议）。按照本法规，发表被定义为以文本形式发布（而非声音形式），可以有或者没有图像，出现在仔细审查的书籍或期刊上。为了合格发表，作品需要包括相当数量的（至少100个复份）、可同时获得的、同样的、持久存放的、不可改变的复份，通过这种方式使它可以作为一项对科学团体的永久的公开记录一般容易获得，可以通过买卖、交换或礼物赠与完成，此外这些作品必须符合目前条款的限制和条件。
3.名称-地位和建立（Names-status and establishiment）。已建立的名称是那些符合系统发育
法规规则发表的名称。为了指出那个名称是采用本法规被建立的，并且因此具有明确的系统发育定义（名称的结尾不反映等级），将这些名称与现存的分类系统管理的种以上名称区分开是可取的，特别是当两者被用于同一发表。字母“P”（方括号或用上标）可
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以被用于表示受系统发育法规管理的名称，字母“L”表示由现存的林奈法规管理的名称。使用了这种转换，“Ajugoideae[L]”将适用于一个植物亚科，其可能是或可能不是一个进化枝，而“Teucrioideae[P]” 将适用于一个进化枝，其可能是或可能不是一个植物亚科。一个名称的建立（establishiment）只能发生在200n年1月1日或之后，为本法规的起始日期。为了一个分类群的名称被建立，该名称必须恰当的被发表，被整理采用，被注册，并且注册号必须在原记述（protologue）中被引用。一个已接受的名称（accepted name）是指必须被采纳的并且符合本法规的名称。其必要条件为：（1）被建立；（2）具有优先权，优先于互用的同一名称（同名homonyms）或同一分类群的互用名称（异名synonyms）。（3）在一个特定的系统发育假设的上下文关系中不能由于一个合格的条例而不合适的认可。 4.注册（Registration）：为了使一个名称依据系统发育法规被建立，该名称和其他所需要的
信息必须被提交到系统发育法规注册数据库。一个名称被提交到数据库中可能先于接受发表，但并没有被注册（即给出一个注册号），直到整理通知数据库，含有该名称的论文或专著已经被接受发表才算完成注册。 5.进化枝名称（Clade Names）：进化枝的名称可以通过已有名称的转化或引进新的名称来建
立。为了被建立，一个进化枝名称必须包括一个单独的词，并且首字母大写。为了被建立，转换的进化枝名称必须按照原记述通过表明转换的进化枝名称（“convert clade name”或“nomen cladi conversum”）被清楚地确认。新的进化枝名称必须同样通过表明新进化枝名称（“new clade name”或“nomen cladi novum”）。为了被建立，一个进化枝名称必须提供一个系统发育定义，用英文或者拉丁文书写，明确与之了解的一个特殊进化枝。名称适应于满足定义的任何进化枝。系统发育定义的式样有基于节点（node-based）的定义、基于茎干（stem-based）的定义和基于衍征（apomorphy-based）的定义。基于节点（node-based）的定义可能采用形式‘该进化枝起源于A和B的最近的共同祖先’（以及C、D等，根据需要）或者‘最少包括的进化枝包含A和B’（以及C、D等），这里的A-D是标志者（specifier）。一个基于节点的定义可以被缩写为进化枝（A+B）。基于茎干（stem-based）的定义可能采用形式‘该进化枝包含Y以及分享一个比Y和比W更近缘共同祖先的所有有机体’（或V或U等，根据需要），或者‘大多数包括的进化枝中包含Y但不包括W’（或V或U等）。一个基于茎干的定义可以简写为进化枝（Y＜—W）；一个基于衍征的定义可能采用形式‘该进化枝发生于包含在H中的具有M共衍征（synapomorphic）的第一个物种’。一个基于衍征的定义可以简写为进化枝（M in H）。先前存在的种加词和种下加词不能转化为进化枝名称。 6. 标志者和合格条例（Specifiers and Qualifying Clauses）：标志者（specifiers）是指种
（species）、标本（specimens）或共衍征等引证于作为参照点的一个名称的一个系统发育定义中，这些参照点能够具体指明适合于进化枝名称的进化枝。用于进化枝名称基于节点和基于茎干定义的所有标志者以及进化枝名称基于衍征（apomorphy-based）定义的一个标志者都是种或者标本。用于一个进化枝名称基于一个衍征（apomorphy-based）定义的其余标志者是一个共衍征（synapomorphy）。如果下一级进化枝被引证于一个包含更多进化枝的系统发育定义时，他们的标志者也必须明确地被引证于一个包含更多进化枝的系统发育定义内。一个内在的标志者是一个明确包含在其名称被定义的进化枝内；一个外在的标志者是一个精确地被排除在其名称被定义的进化枝外。基于节点和基于衍征定义中的所有标志者都是内在的，但基于茎干定义中的所有标志者总是有每个模式中的一个。当一个种被用做标志者时，该种名称的整理和发表年限必须被引证。当一个模式标本被用做标志者时，模式标本所代表的种名以及该种名称的整理和发表年限必须被引证。
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7. 优先律（Precedence）：虽然优先律适用的实体在本法规中指的是名称，但是名称及其定
义的结合是实实在在的。在不同的情况下，这些部分中的一个或者另一个显得更加重要。特别之处，在异名（synonym）的例子中，优先律主要指名称，而在同名（homonym）的例子中，优先律主要指定义。优先律是基于名称建立的日期，早先建立的名称比以后建立的名称具有优先权，除非后建立的名称针对早先建立的名称被保留。在同名的例子中，涉及到由两个或多个以前存在的法规管理的名称（例如动物和植物可以用相同的名称），优先权按照采用系统发育法规建立名称的日期来定。但是，国际系统发育命名委员会有权利针对早先建立的同名保留后来建立的同名。只有当后来的同名比先前同名用得更广泛的时候才可能会发生这种情况。最终决定名称被建立的优先权是发表日期而不是注册日期。 8. 异名（Synonym）：异名是指那些具有不同拼写但都指同一分类群的名称。在本法规中，
异名必须是被建立的名称并且或许是同定义异名(homodefinitional，基于相同的定义)或异定义异名(heterodefinitional，基于不同的定义)。同定义异名是应用于那些不考虑系统发育前后关系中的名称。然而，在具有不同定义名称的例子中，系统发生的前后关系决定名称是异定义异名或不是异名。当两个或两个以上的异名有着相同的发表日期时，首先注册的名称首先拥有优先权(并且有下标的注册号)。 9. 名称的整理身份（Authorship of Names）：尽管作为一个整体发表的整理身份会不同，但
是一个分类群的名称是归属于原记述的整理（们）。在一些情况下，人们愿意引证建立名称的整理，如果一个转换名称的整理被引用，它所基于的先前存在的名称整理也必须被引证，但是用方括号[]括起来。如果一个替代名称的整理被引证，定义替代名称的整理也必须被引证，但是用大括号{}括起来。如果为了修订一个定义而被保留的一个同名的整理被引证，原定义的整理也必须被引证，但是使用‘〈’和‘〉’来表示。（例如Hypotheticus〈Stein〉Maki）。系统发育法规使用in不用ex。 10．管理（Governance）：系统发育法规由系统发育命名协会（The Society for Phylogenetic
Nomenclature, 缩写为SPN）的两个委员会来管理：国际系统发育命名委员会（International Committee on Phylogenetic Nomenclature，缩写为ICPN）和注册委员会（the Registration Committee）。
表3.2 使用于系统发育法规草案、生物法规草案和目前的生物法规（除病毒法规外）的命名术语对照表 PhyloCode
BioCode
Bacteriologicl Code
Botanical Code
Zoological Code
Publication and precedence of names published precedence earlier later
published precedence earlier later
effectively ublished priority senior junior
effectively ublished priority earlier later
published precedence senior junior
Nomenclatural status established converted acceptable registration Taxonomic status Accepted
accepted
correct
correct
valid
established —— acceptable registration
validly published —— legitimate validation
validly published —— legitimate ——
available ——
potentially valid ——
Synonymy and homonymy homodefinitional heterodefinitional
homotypic heterotypic
objective subjective
nomenclatural taxonomic
objective subjective
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replacement name replacement name —— avowed substitute new replacement name
Conservation and suppression Conserved Suppressed
conserved suppressed/ rejected
Conserved rejected
Conserved rejected
Conserved suppressed
在最近三年发表的一些论文里已经评述了系统发育法规的可取之处。Nixon和Carpenter （2000）指出系统发育命名没有现存的命名系统稳定。Carpenter（2003）对系统发育法规草案提出批评意见，指出依据目前草案中的计划并没有满足它所陈述的目标，也没有支持它所陈述的原则。内部的矛盾包括目前林奈系统各个方面麻烦的重新创造，尽管林奈系统通常遭到系统发育法规拥护者的贬低。拟草案者不同意种的名称应该采用的形式导致了这种不完整性。Keller et al.(2003)指出正是由于不稳定的哲学设想的早产导致了其内在的不稳定性和构成法规各个框架基础的根本缺陷。
Nixon et al.（2003）强烈反对系统发育法规，他们指出‘该命名法存在致命缺陷，并且林奈系统容易被修整’。他们还强调，系统发育法规的提议者们并没有提出有实际意义的能够为其新系统增加稳定性的建议。这样一个等级自由的命名系统将给我们的教授、学习和在该领域使用分类名称或者出版可能产生巨大混乱和缺陷。他们确信，通过一些简单的改动，关于优先律和等级稳定性的单独问题可以容易被修饰到目前的林奈法规中。这样不需要为了不充分的理由来‘废弃’目前的林奈法规，逻辑上的不协调以及有致命缺陷的新法规将只能带来混乱。
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