由用人单位承担举证责任。
在民事诉讼案件中，当事人有证据证明一方当事人持有证据无正当理由拒不提供，如果对方当事人主张该证据的内容不利于证据持有人，可以推定该主张成立。
对是否支付工资的劳动争议应该由用人单位承担举证责任。
用人单位不能证明自己已经支付了劳动工资的，应当承担不利的后果。
法律依据：
《工资支付暂行规定》
用人单位可委托银行代发工资。
用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。
用人单位在支付工资时应向劳动者提供一份其个人的工资清单。
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