农村的鱼塘确权，首先由当事人协商，协商不成的由县级以上人民政府进行协调。对人民政府处理结果不服的，也可以提起诉讼。其实所有权都是属于国家或者是集体的。进行确权的实际上是鱼塘的承包经营权而非所有权。确权后，登记机构会向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。
《中华人民共和国农村土地承包法》
第二十四条
国家对耕地、林地和草地等实行统一登记，登记机构应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。
土地承包经营权证或者林权证等证书应当将具有土地承包经营权的全部家庭成员列入。
登记机构除按规定收取证书工本费外，不得收取其他费用。