针对公司以仲裁方式指控员工盗取资料一事，其是否合法尚需视多项因素衡量。
首要问题是确认公司有无充足证据证实员工确实存在此种行为，如监控录像、目击者陈述等。
若证据确凿，公司可依法通过仲裁手段维护自身权益。
然而，在仲裁过程中，证据的真实性、正当性及与本案的关联性将接受严谨核查。
此外，亦应考虑到资料的性质与价值，以及公司内部是否具有完备的规章制度对资料管理及员工行为加以规范调节。
若公司制度完备，明令禁止类似行径，员工又已知情,这无疑将提升公司在仲裁中的有利地位。
总而言之，公司以仲裁方式指控员工盗取资料的合法性并非一成不变，需根据实际情况进行深入剖析。
