区别一：生物分类法的差异
脊椎动物是脊索动物门下的一个亚门，而脊索动物门则是动物界中最高等的门之一。
区别二：分类的具体差异
脊椎动物涵盖圆口类、鱼类、两栖动物、爬行动物、鸟类和哺乳动物等六大类。而脊索动物则包括尾索动物、头索动物以及脊椎动物。
脊索动物门下的生物在个体发育的某个阶段展现出脊索、背神经管和鳃裂这三大特征。脊椎动物在数量上最多，结构最复杂，进化地位最高，它们由软体动物进化而来，形态和生活方式各异。
扩展资料：
关于脊椎动物起源的研究，应当以现代动物学信息为重要线索，探寻保存有五亿三千万年前后口动物软躯体构造化石的澄江化石库，这一时段接近脊椎动物起源的“源头”。普遍认为脊索动物是无脊椎动物进化而来，棘皮动物、半索动物与脊索动物的亲缘关系被多数人接受。1999年发现的昆明鱼和海口鱼被英国《自然》杂志誉为“抓到第一鱼”，为解决起源问题提供了重要线索。2003年，舒德干等人在《自然》杂志上发表研究，通过对海口鱼的研究揭示了它们不仅是已知最古老的脊椎动物，同时保留了一些无头类的原始特征。
参考资料来源：
- 百度百科：脊椎动物
- 百度百科：脊索动物门
